Khi Ida tấn công Nhật Bản, nó đã gây ra những trận mưa rất lớn, lượng mưa tại núi Amagi thuộc Bán đảo Izu đạt tới 748,6 mm (29,47 inch).[9] Tại thủ đô Tokyo, cơn bão đã trút xuống một lượng mưa xấp xỉ 430 mm (17 inch), đây là tổng lượng mưa trong ngày cao nhất từng được ghi nhận kể từ năm 1876.[10] Trên khắp quốc gia này, những trận mưa đã gây lũ lụt dọc theo các con sông Kano, Merugo và Arakawa;[5] và lũ trên sông Kano đã phá hủy những ngôi làng trên bán đảo Izu.[2] Mưa cũng là nguyên nhân dẫn đến ít nhất 1.900 trận lở đất,[11] 786 trong số đó xảy ra ở vùng Tokyo.[10] Ở Chiba, nước biển dâng cao 1,1 m đã làm ngập lụt 120.000 mẫu Anh diện tích cánh đồng lúa.[5] Đã có 32 con tàu bị chìm hoặc mất tích, và 20 tàu khác bị hư hại dọc theo vùng duyên hải.[10] Ngoài mưa cơn bão còn gây ra gió với vận tốc lên tới 100 dặm/giờ (160 km/giờ), ở thủ đô Tokyo ghi nhận gió giật 80 dặm/giờ (130 km/giờ);[12] dù vậy, thiệt hại do gió gây ra là nhỏ.[13]

Một thông tin từ tạp chí Time vào đầu tháng 10 năm 1958 cho rằng Ida là cơn bão thảm khốc nhất tại Nhật Bản trong vòng 24 năm[11] kể từ bão Maruto năm 1934. Ở vùng Tokyo, Ida đã gây mất điện trên diện rộng và làm gián đoạn nghiêm trọng hệ thống giao thông vận tải.[10] Trong khoảng thời gian cơn bão hoành hành, thông tin liên lạc đến vùng bán đảo Izu, nơi chịu thiệt hại nặng nhất, đã bị cắt đứt.[12] Đã có hơn 520.000 ngôi nhà bị ngập lụt trên toàn nước Nhật, một con số lớn nhất từng được ghi nhận. Với những tổn thất gây ra, Cơ quan Khí tượng Nhật Bản (JMA) đã gán cho Ida một cái tên địa phương đặc biệt: "Bão Kanogawa".[14] Có 16.743 ngôi nhà đã chịu thiệt hại với các mức độ khác nhau, trong đó có 2.118 ngôi nhà bị phá hủy và 2.175 ngôi nhà khác bị hư hại nghiêm trọng.[15] Mặc dù báo cáo ban đầu cho rằng đã có khoảng 500.000 người mất nhà cửa vì cơn bão,[11] con số này về sau giảm xuống chỉ còn 12.000. Ngoài ra, Ida còn phá hủy hơn 244 tuyến đường cũng như các cầu đường sắt. Tổng thiệt hại ước tính 50 triệu USD (USD 1958),[5] hay tương đương 20,6 tỉ Yên.[16] Tổng cộng cũng đã có 1.296 người thiệt mạng và 1.138 người khác bị thương, khiến cho Ida trở thành cơn bão gây tổn thất nhân mạng lớn thứ ba tại Nhật Bản từng được ghi nhận.[17] Trong tổng số người thiệt mạng có bao gồm cả 381 người mất tích được cho là đã chết.[13]

Sau khi cơn bão lắng xuống, Quân đội Mỹ đã cung cấp hàng hóa và binh sĩ để giúp đỡ công tác cứu trợ.[12] Khoảng 200 lính cứu hỏa ở những vùng dọc theo sông Kano cũng đã tham gia hỗ trợ các hoạt động này.[18]